Có gần 25 năm kinh nghiệm trong Tiêu hóa và Nội soi tiêu hóa. Bà từng công tác tại khoa Hồi sức cấp cứu và khoa Tiêu hóa, Bệnh viện Hữu Nghị.
BS Thanh đã kiến tập tại Nhật Bản năm 2005 và tham gia khóa đào tạo về Chẩn đoán và điều trị sớm ung thư dạ dày tại Oita - Nhật Bản năm 2015. Bà cũng là thành viên của Liên chi hội Nội soi tiêu hóa Việt Nam và Hội Khoa học tiêu hóa Việt Nam.
Hiện nay, ThS. BS Phạm Thị Mai Thanh là Bác sĩ Nội tiêu hóa - Khoa Nội Tiêu hóa - Gan mật - Bệnh viện Đa khoa Quốc tế Vinmec Times City.