Một số loại bệnh do có nhiều triệu chứng không đặc trưng và mỗi người lại gặp các triệu chứng khác nhau nên rất khó chẩn đoán. Hơn nữa, không phải lúc nào cũng có xét nghiệm phù hợp để bác sĩ chẩn đoán xác định. Những bệnh khó chẩn đoán thường bao gồm rối loạn tiêu hóa và tự miễn.