Một số bệnh có thể gây ra đầy hơi và chướng bụng, ví dụ, những người bị bệnh tiểu đường hoặc xơ cứng bì, theo thời gian, hoạt động của ruột non bị chậm lại. Điều này có thể dẫn đến sự phát triển quá mức của vi khuẩn trong ruột, làm tiêu hóa kém carbohydrate và các chất dinh dưỡng khác. Tuy nhiên, ngay cả khi không có bệnh rõ ràng, một số người có xu hướng chứa một số lượng lớn vi khuẩn trong ruột non và dễ bị xì hơi nhiều.