Rủi ro liệu pháp tế bào gốc là một vấn đề cần được cân nhắc kỹ lưỡng khi áp dụng phương pháp điều trị này. Mặc dù có những lợi ích rõ ràng nhưng các liệu pháp cấy ghép tế bào gốc, đặc biệt là những phương pháp chưa được FDA phê duyệt tiềm ẩn nhiều rủi ro như nhiễm trùng, tác dụng phụ và thậm chí không mang lại hiệu quả như mong đợi.