Hệ thống miễn dịch đóng một vai trò trung tâm trong cơ chế bệnh sinh của bệnh viêm ruột. Ghép tế bào gốc tạo máu hoặc phẫu thuật ghép tạng đặc được thực hiện với việc sử dụng steroid và chất điều hòa miễn dịch. Các tác nhân này ngăn chặn phản ứng sinh miễn dịch ở tế bào lympho của người nhận để chống lại các kháng nguyên bạch cầu của người được cấy ghép.

Ghép tạng thường được chỉ định trong các trường hợp cơ quan bị tổn thương nghiêm trọng ở giai đoạn cuối của bệnh nhằm mục đích thay thế hoặc phục hồi chức năng của cơ quan đó, từ đó cải thiện chất lượng sống của người bệnh. Các phương pháp ghép khác như ghép tay, ghép thanh quản,... được thực hiện nhằm mục đích cải thiện chất lượng cuộc sống.