Hệ thống miễn dịch đóng một vai trò trung tâm trong cơ chế bệnh sinh của bệnh viêm ruột. Ghép tế bào gốc tạo máu hoặc phẫu thuật ghép tạng đặc được thực hiện với việc sử dụng steroid và chất điều hòa miễn dịch. Các tác nhân này ngăn chặn phản ứng sinh miễn dịch ở tế bào lympho của người nhận để chống lại các kháng nguyên bạch cầu của người được cấy ghép.